AMBER生物分子動(dòng)力模擬工作站配置推薦
Amber是專(zhuān)門(mén)針對(duì)生物分子系統(tǒng)模擬而開(kāi)發(fā)的分子動(dòng)力學(xué)應(yīng)用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可運(yùn)行顯式溶劑 PME 和隱式溶劑 GB 模擬。AMBER 在NVIDIA GPU 上的運(yùn)行速度比僅使用 CPU 的系統(tǒng)快 15 倍，從而使用戶(hù)運(yùn)行生物分子模擬的時(shí)間從幾天縮短到幾小時(shí).
（一）Amber分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件計(jì)算特點(diǎn)
Amber分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件由AmberTools19和Amber18組成，其中：
AmberTools 19（開(kāi)源的）是由幾個(gè)獨(dú)立開(kāi)發(fā)的軟件包組成，這些軟件包可以單獨(dú)使用，也可以與Amber18一起使用。該套件還可以用于使用顯式水模型或廣義Born溶劑模型進(jìn)行完整的分子動(dòng)力學(xué)模擬，包含：
• Sander：用于分子動(dòng)力學(xué)模擬的主力程序，包括組合的量子力學(xué)/分子力學(xué)（QM / MM）功能，不支持GPU加速
• tleap and parmed：用于A(yíng)mber模擬的基本準(zhǔn)備工具
• NAB / sff：一種語(yǔ)言環(huán)境，用于編寫(xiě)專(zhuān)門(mén)處理分子結(jié)構(gòu)的程序?；诜肿恿?chǎng)計(jì)算和距離幾何的建模
• antechamber和MCPB：創(chuàng)建用于一般有機(jī)分子和金屬中心的力場(chǎng)的程序
• sqm：半經(jīng)驗(yàn)和DFTB量子化學(xué)程序
• pbsa：執(zhí)行Poisson-Boltzmann模型的數(shù)值解(支持GPU 加速)
• 3D-RISM：求解積分方程模型以進(jìn)行溶劑化
• mdgx：一個(gè)主要通過(guò)參數(shù)擬合來(lái)突破Amber MD界限的程序。還包括可自定義的虛擬站點(diǎn)和顯式的溶劑MD功能。
• cpptraj和pytraj：分析軌跡結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)的工具
• MMPBSA.py和Amberlite：基于能量的MD軌跡分析
Amber18（商業(yè)版）軟件包通過(guò)添加PMEMD程序在A(yíng)mberTools18上構(gòu)建，支持GPU加速，該程序類(lèi)似于A(yíng)mberTools中的sander（分子動(dòng)力學(xué)）代碼，但在多個(gè)CPU上提供了更好的性能，并在GPU上顯著提高了速度。
關(guān)于GPU計(jì)算卡
支持顯卡型號(hào)
游戲卡類(lèi)：Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S
專(zhuān)業(yè)卡類(lèi)：Titan V、Tesla V100、Quadro GV100
GPU卡求解規(guī)模
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GPU型號(hào) |
顯存 |
最大原子數(shù) |
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Tesla V100 |
32GB |
1120萬(wàn) |
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Titan RTX |
24GB |
700萬(wàn) |
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Quadro GV100 |
16GB |
560萬(wàn) |
|
Tittan V |
12GB |
352萬(wàn) |
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RTX2080Ti |
11GB |
330萬(wàn) |
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RTX2080S、RTX2070S |
8GB |
280萬(wàn) |
Amber GPU加速測(cè)試
（二）Amber分子動(dòng)力模擬計(jì)算硬件配置推薦
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NO |
品牌與型號(hào) |
配置規(guī)格 |
價(jià)格 |
備注 |
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1 |
H380 15164-SATCX |
8核@5.1GHz / 64GB DDR4 /RTX2080Ti 11GB/960GB SSD系統(tǒng)盤(pán) +4TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(750w)/23寸-高清圖顯 |
39900 |
超值型 |
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2 |
AX400 146128-SATCT |
10核@4.6GHz / 128GB DDR4 /Titan RTX 24 /960GB SSD系統(tǒng)盤(pán) +4TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(750w)/23寸-高清圖顯 |
68500 |
高性?xún)r(jià)比 |
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3 |
AX400 143128-SBTD2T |
16核@4.3GHz / 128GB DDR4 /2*Titan RTX 24+NV-Link /1.9TB SSD系統(tǒng)盤(pán) +6TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(2000w)/23寸-高清圖顯 |
105000 |
極致型 |
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4 |
GX630M 226192-SBTD2T |
2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 192GB DDR4 /2*Titan RTX 24+NV-Link /1.9TB SSD系統(tǒng)盤(pán) +6TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/23寸-高清圖顯 |
119900 |
極致全能 |
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5 |
GX630M 226192-SCTE4X |
2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 192GB DDR4 /4*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系統(tǒng)盤(pán) +8TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/23寸-高清圖顯 |
123000 |
多用途 |
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6 |
GX630M 226384-SCTE8X |
2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 384GB DDR4 /8*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系統(tǒng)盤(pán) +8TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/23寸-高清圖顯 |
175000 |
極致多用途 |
UltraLAB圖形工作站供貨商：
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