分子動力模擬可視化與分析軟件VMD工作站硬件推薦

（一）VMD分子動力可視化軟件介紹

VMD 是一個開源的分子可視化程序，專為建模，可視化和分析生物系統(tǒng)（例如蛋白質(zhì)，核酸，脂質(zhì)雙層組件等）而設計，最新版本 VMD1.9.4


 

VMD主要應用

分子動力模擬MD（例如NAMD，GROMACS，AMBER等）的圖形前端，讀取標準蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（.pdb）文件以查看更多常規(guī)分子并顯示所包含的結構，查看和分析分子動力學模擬結果。
全原子細胞規(guī)模建模
Cryo-EM低溫冷凍電鏡密度圖像分割
多序列數(shù)據(jù)比對，這是一個統(tǒng)一的生物信息學分析環(huán)境，可用于組織，顯示和分析蛋白質(zhì)和核酸的序列和結構數(shù)據(jù)
量子化學計算(例如VASP，)的圖形前端

VMD計算特點

通常在桌面圖形環(huán)境中以交互方式使用，也可在工作站（或單一集群節(jié)點），并通過使用消息傳遞接口 (MPI) 在分布式內(nèi)存集群和超級計算機上并行執(zhí)行非交互式（批處理模式）分析計算和可視化任務

• CPU 支持多核處理器
• 顯卡 基于nvidia Quardro RTX架構性能提升顯著，可多卡加速，顯存容量16GB以上，VMD1.9.4支持RT核渲染
  
• VMD能夠?qū)@示的圖形導出到可以由許多流行的光線跟蹤和圖像渲染包處理的文件，包括POV-Ray（CPU），Rayshade，Raster3D和Tachyon（GPU）。
  
• VMD支持3-D投影設備，VR設備支持、立體顯示能力，
  
• 支持所有主要的計算機平臺  Linux，Windows, MacOS X
  

（二）VMD分子動力學可視化工作站硬件配置推薦