Schrodinger薛定諤分子動(dòng)力模擬與建模工作站推薦2022v2
配置方案日期：2022年5月3日
Schrodinger是計(jì)算化學(xué)領(lǐng)域?yàn)樯茖W(xué)和材料研究提供解決方案領(lǐng)先者，是世界一流的分子建模、藥物設(shè)計(jì)和材料科學(xué)軟件集合，由AutoQSAR，Demond，F(xiàn)EP+、Maesrto 、MS Combi、MS Jaguar、Bioluminate、KNIME Extensions、Canvas、Glide、WaterMap等軟件組合而成.其中：
- 藥物發(fā)現(xiàn)：包含從頭設(shè)計(jì)、虛擬篩選、等級(jí)順序化合物、結(jié)構(gòu)細(xì)化和準(zhǔn)備、可視化和工作流程、生物制劑建模等，
- 材料科學(xué)：原子級(jí)仿真可以幫助您在開(kāi)始合成和測(cè)試之前確定最有前途的結(jié)構(gòu)和成分，從而可以加快新材料的開(kāi)發(fā)。從有機(jī)電子產(chǎn)品到特種化學(xué)品再到聚合物制造
Schrodinger Desmond高性能分子動(dòng)力學(xué)模擬
Desmond結(jié)合了速度和準(zhǔn)確性，可以進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間的分子動(dòng)力學(xué)模擬，從而使用戶可以檢查具有重要生物學(xué)和藥學(xué)意義的事件。Desmond與Maestro無(wú)縫集成，可提供全面的設(shè)置，仿真和分析工具，支持GPU加速
FEP +用于藥物發(fā)現(xiàn)的高性能自由能計(jì)算FEP +結(jié)合了非常精確的力場(chǎng)（OPLS3e）和改進(jìn)的采樣算法，這些采樣算法利用GPU的高性能提供了前所未有的精度來(lái)提供結(jié)合自由能，為啟用結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)項(xiàng)目提供了重要價(jià)值。
DeepChem是一個(gè)python庫(kù)，可提供高質(zhì)量的開(kāi)源工具鏈，用于在藥物發(fā)現(xiàn)，材料科學(xué)，量子化學(xué)和生物學(xué)方面進(jìn)行深度學(xué)習(xí)
Schrodinger軟件系統(tǒng)與硬件配置要求
（1）高性能分子動(dòng)力模擬超算GPU卡要求
A1 服務(wù)器級(jí)可選：Tesla 系列（A100 80GB、A100 40GB）
A2工作站級(jí)可選：RTX A6000 48GB、RTX A5000 24GB、RTXA4000 16GB
GPU卡技術(shù)參數(shù)：
型號(hào) CUDA核數(shù) 顯存(MB) 浮點(diǎn)計(jì)算指標(biāo) TFLOPs (單精度) 顯存帶寬 (GBs) 備注 Tesla A100 6912 40/80GB HBM2 19 1536 RTX A6000 10752 48GB 40 768 支持3D顯示 RTX A5000 8192 24GB 27.77 768 支持3D顯示 RTX A4000 6144 16GB 19.17 640 支持3D顯示 RTX 5000 3072 16GB 11.15 448 支持3D顯示
（2）分子建模與可視化分析配置要求
顯示設(shè)備：nvidia 3D Vision（四緩沖、OpenGL硬件立體顯示）、Zalman 3D 顯示器，100Hz刷新率
圖形APP:支持OpenGL2.1或更高
（3）支持操作系統(tǒng)
RedHat企業(yè)版（RHEL） 6.8-6.10 7.4-7.6
Centos 6.8-6.10 7.4-7.6
Ubuntu 16.04 LTS 18.04 LTS
SUSE SLES/SLED 15, SLES/SLED 12SP4
（4）支持GPU加速的Schrodinger軟件包
Desmond MD---高性能分子動(dòng)力模擬
FEP+ ---用于藥物發(fā)現(xiàn)高性能自由能計(jì)算
WaterMAP ---配體優(yōu)化的新范式
GPU Shape ---形狀篩分（快速高效的基于形狀的疊加和相似度搜索工具）
AutoQSAR/DeepChem ---適用于大數(shù)據(jù)應(yīng)用的可擴(kuò)展，直觀，深度學(xué)習(xí)的QSAR模型
Schrodinger（薛定諤）分子動(dòng)力模擬與建模圖形工作站硬件配置推薦2022v2
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NO |
品牌與型號(hào) |
配置規(guī)格 |
價(jià)格 |
備注 |
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1 |
超頻圖形工作站 A310 15064-MAC |
Intel 12代超頻處理器（16核，其中8核@5.0GHz，8核4.2GHz) / 64GB DDR4 / RTX A4000 16GB/1TB SSD系統(tǒng)盤 +4TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(1000w)/ 27寸-4K圖顯 |
37500 |
MD計(jì)算，分子建模 |
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2 |
超頻圖形工作站 AX410 142128-MAC |
intel 至尊超頻處理器（18核@4.2GHz） / 96GB DDR4 /RTX 5000 16GB /1TB SSD系統(tǒng)盤 +8TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(1000w)/ 27寸-4K圖顯 |
55000 |
MD計(jì)算，分子建模 |
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3 |
高頻圖形工作站 AX420 139128-MB2D |
intel Xeon銀牌4316處理器（20核@3.9GHz / 128GB DDR4 /2*RTX A5000 24GB /2TB SSD系統(tǒng)盤 +8TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(1000w)/ 27寸-4K圖顯 |
86000 |
MD計(jì)算，分子建模 |
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4 |
歐拉圖形工作站EX650i 237192-PBD |
2顆Xeon 銀牌4314處理器（32核@3.7GHz ）/ 192GB DDR4 / RTX A5000 24GB /2TB SSD系統(tǒng)盤 +8TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(1300w)/ 27寸-4K圖顯 |
71000 |
MD計(jì)算 |
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5 |
歐拉圖形工作站EX650i 239256-PBD |
2顆Xeon 銀牌4316處理器（40核@3.9GHz ）/ 256GB DDR4 /RTX A5000 24GB /2TB SSD系統(tǒng)盤 +16TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(1300w)/ 27寸-4K圖顯 |
83000 |
MD計(jì)算 |
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6 |
歐拉圖形工作站EX650i 226512-PCE |
2顆Xeon 金6338處理器（64核@2.6GHz ）/ 512GB DDR4 /RTX A6000 48GB/3.84TB SSD系統(tǒng)盤 +16TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(1300w)/27寸-4K圖顯 |
149990 |
MD計(jì)算 |
| 7 | 超級(jí)圖形工作站Alpha750 433384-PBC |
4顆Xeon 金5320H處理器（80核@3.3GHz ）/ 384GB DDR4 /RTX A4000 16GB/960GB SSD/2TB PCIeSSD/16TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/27寸-4K圖顯 |
169990 | 多任務(wù)計(jì)算 |
| 8 |
超級(jí)圖形工作站Alpha730 443768-PBD |
4顆Xeon 金6256處理器（48核@4.3GHz ）/ 768GB DDR4 /RTX A5000 16GB/960GB SSD/2TB PCIeSSD/2*18TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/27寸-4K圖顯 |
279990 | 完美極速計(jì)算 |
| 9 | 超級(jí)圖形工作站Alpha750 437768-PCD |
4顆Xeon 金8360H處理器（96核@3.7GHz ）/ 768GB DDR4 /RTX A6000 48GB/960GB SSD/3.84TB PCIeSSD/2*16TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/27寸-4K圖顯 |
350000 | 多任務(wù)超級(jí)計(jì)算 |
UltraLAB工作站針對(duì)Schrodinger Desmond（分子動(dòng)力模擬） GPU并行計(jì)算配備最新圖卡或計(jì)算卡，同時(shí)整機(jī)系統(tǒng)的優(yōu)化，MD仿真的運(yùn)行速度比CPU快200倍，另外UltraLAB極速工作站配備最新nvidia 圖靈架構(gòu)專業(yè)圖卡，加速?gòu)?fù)雜的立體是分子建模與分析。
上述所有配置，代表最新硬件架構(gòu)，同時(shí)保證是最完美，最快，如有不符，可直接退貨
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