Material Studio材料計(jì)算的工作站配置方案
時(shí)間：2011-04-23 00:13:00
來(lái)源：UltraLAB圖形工作站方案網(wǎng)站
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作者：admin
本文中的硬件配置已升級(jí)到支持inte Xeon E3、E5處理器架構(gòu)，較原配置性能提升100%以上，更新日期：2013年1月27日
Materials Studio是一套材料科學(xué)的仿真軟件，MS是在化學(xué)和材料領(lǐng)域，為結(jié)構(gòu)和計(jì)算器研究者所設(shè)計(jì)的專(zhuān)業(yè)仿真軟件，提供用戶(hù)流暢的操作接口，并包含完整的運(yùn)算方法，讓使用者容易上手并提供功能強(qiáng)大的仿真能力。
研究者通過(guò)MS提供的先進(jìn)豐富多種算法進(jìn)行綜合分析計(jì)算，在性質(zhì)預(yù)測(cè)、聚合物建模還是X射線(xiàn)衍射模擬，通過(guò)一些簡(jiǎn)單易學(xué)的操作來(lái)得到切實(shí)可靠的數(shù)據(jù)。協(xié)助科學(xué)家解決重要問(wèn)題，研發(fā)世界上最先進(jìn)的材料。
分子模擬（材料計(jì)算）求解過(guò)程計(jì)算特點(diǎn)分析
主要集中在對(duì)CPU和內(nèi)存方面，MS軟件支持主流CPU的多核并行計(jì)算，在一個(gè)架構(gòu)里，頻率越高，核數(shù)，計(jì)算速度越快，內(nèi)存方面主要體現(xiàn)在計(jì)算的規(guī)模上，隨著對(duì)自然世界的深入了解和分析，分析精度越來(lái)越高，計(jì)算量也越來(lái)越大，對(duì)內(nèi)存的要求也在不斷遞增，由于求解運(yùn)算過(guò)程中大量時(shí)間都在計(jì)算中，對(duì)顯卡的要求自然不高，圖卡主要是后期對(duì)數(shù)據(jù)的可視化有些需求，另外MS軟件運(yùn)算特點(diǎn)是將數(shù)據(jù)一次性放到內(nèi)存進(jìn)行密集計(jì)算，自然對(duì)硬盤(pán)外設(shè)的讀寫(xiě)不是很頻繁，傳統(tǒng)上SATA接口也足夠了，如果內(nèi)存不夠，虛擬內(nèi)存很大的話(huà)，推薦SAS硬盤(pán)，當(dāng)然將來(lái)SSD便宜下來(lái)，內(nèi)存和虛擬內(nèi)存的比例1：2，可以考慮采用SSD硬盤(pán)
硬件配置關(guān)系注意事情:
1．經(jīng)過(guò)廠(chǎng)家推薦，目前12核不建議使用，8核Xeon架構(gòu)效率更高
2．CPU—內(nèi)存關(guān)系， 1核---對(duì)應(yīng)配置---2G~4G, 8核處理器對(duì)應(yīng)內(nèi)存16GB~32GB.
3．顯卡要求不高，針對(duì)不同的計(jì)算規(guī)模，配置相應(yīng)檔次圖卡，滿(mǎn)足后期數(shù)據(jù)可視化需求。
4．硬盤(pán)IO在計(jì)算過(guò)程中，影響不大，資金充足的話(huà)，視多種計(jì)算軟件， SAS 6Gbps是目前相當(dāng)不錯(cuò)的選擇
XASUN圖形工作站配置方案
XASUN當(dāng)今世界唯一能提供塔式、機(jī)架、便攜式、特種結(jié)構(gòu)等規(guī)格，提供單路、雙路、四路、八路最先進(jìn)架構(gòu)的高端圖形工作站，XASUN緊隨世界領(lǐng)先的intel和AMD的計(jì)算處理硬件主流技術(shù),和Nvidia和ATI高性能圖卡以及一流的硬盤(pán)陣列技術(shù)，打造出具有超級(jí)性能的XASUN圖形工作站和服務(wù)器，同時(shí)充分了解不同行業(yè)應(yīng)用軟件的計(jì)算特點(diǎn)，靈活方便的配置架構(gòu)，使應(yīng)用軟件在任何一臺(tái)支持基于Windows、Linux等主流操作系統(tǒng)的服務(wù)器或工作站上最高效率的進(jìn)行運(yùn)算，從而最大限度的發(fā)揮工作站硬件性能和網(wǎng)絡(luò)資源。
MS軟件配備豐富的應(yīng)用功能模塊，硬件如何配合好所有軟件模塊，非一般經(jīng)驗(yàn)的硬件工程師所能了解的，今天我們對(duì)計(jì)算規(guī)模按原子數(shù)量初步劃分，大致分三個(gè)檔次：
1．小規(guī)模計(jì)算工作站配置方案
定位：原子數(shù)不超過(guò)100個(gè)求解規(guī)模
推薦：4核Xeon E3 1270v2（3.5Ghz）/16GB/Quadro600/12GB SSD+1TB SATA
機(jī)器型號(hào) XASUN T320 13516-S11T1AA
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主要配置
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4核XeonE3 1270v2/16GB/Q600/120GB SSD+1TB SATA企業(yè)級(jí)
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|
硬件配置明細(xì)
|
|
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|
配件
|
品牌和型號(hào)
|
數(shù)量
|
|
CPU
|
4核Xeon E3 1270v2
|
1
|
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3.5G/hz8MB/超線(xiàn)程/睿頻，共計(jì)4核
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|
芯片組
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intel C216+PCH Chips
|
1
|
|
內(nèi)存
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8G DDR3 1600 Reg ECC
|
2
|
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顯卡
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Nvidia Quadro 600 1GB
|
1
|
|
系統(tǒng)盤(pán)
|
120GB SSD
|
1
|
|
數(shù)據(jù)盤(pán)
|
1TB SATA企業(yè)級(jí)
|
1
|
|
網(wǎng)卡
|
千兆以太端口
|
2
|
|
工作站平臺(tái)
|
XASUN SSIEC105P7S （700W EPS）
|
1
|
|
顯示器
|
可選
|
1
|
|
噪音控制系統(tǒng)
|
靜音級(jí)(全速計(jì)算45分貝以?xún)?nèi))
|
|
|
硬件性能指標(biāo)
|
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|
CPU
|
運(yùn)算速度每秒1120億次
|
|
|
GPU
|
幾何三角形處理:2.1億/秒，支持1*2
|
|
|
|
單屏幕，最高分辨率 2560*1600
|
|
|
|
幾何三角形3億/秒，像素填充率380億/秒
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|
|
|
支持32X全景反鋸齒(FSAA)
|
|
|
|
支持30位色彩精度
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|
|
|
1GB GDDR3顯存
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|
|
硬盤(pán)
|
IO讀寫(xiě)帶寬100MB/S，IOPS 200次/秒
|
|
|
網(wǎng)絡(luò)端口
|
通過(guò)匯聚功能，實(shí)現(xiàn)2Gbps
|
|
|
硬件升級(jí)能力
|
|
|
|
CPU
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支持1顆XeonE3 1200v2全系列
|
|
|
顯卡
|
支持Nvidai Quadro和ATI Firepro 系列
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|
|
內(nèi)存槽
|
4個(gè)，單根內(nèi)存最大8GB，最大容量32GB
|
|
|
硬盤(pán)位
|
4個(gè)，單塊最大SATA：2TB
|
|
|
PCI擴(kuò)展
|
2*PCIE3.0 x8,2*PCIE3 x4,1*PCI
|
|
|
操作系統(tǒng)
|
|
|
|
支持Windows Server 2003、2008
|
||
|
支持Windows XP、Vista、7
|
||
|
支持Redhat、Suse Linux全系列
|
||
|
應(yīng)用軟件
|
|
|
|
基于windows、linux環(huán)境下軟件全系列
|
||
|
報(bào)價(jià)
|
￥19,800元
|
|
2．中大規(guī)模計(jì)算高端圖形工作站配置方案
應(yīng)用定位：原子數(shù)100~1000個(gè)之間求解規(guī)模
推薦：8核Xeon E5 2643（3.3G）/48GB/quadro2000/240GBSSD+2TB SATA企業(yè)級(jí)
如果從軟件和硬件的價(jià)格對(duì)比，買(mǎi)一臺(tái)配置最高的圖形工作站，是最好的發(fā)揮軟件性能的不二選擇。
機(jī)器型號(hào) XASUN T560 23348-S12T1BB
參考配置：
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硬件配置明細(xì)
|
|
|
|
配件
|
品牌和型號(hào)
|
數(shù)量
|
|
CPU
|
4核Xeon E5 2643
|
2
|
|
3.3Ghz/10MB/6.4GTs/睿頻，共計(jì)8核
|
||
|
芯片組
|
intel C600+PCH Chips
|
1
|
|
內(nèi)存
|
8G DDR3 1333 Reg ECC
|
6
|
|
顯卡
|
Nvidia Quadro 2000 1GB
|
1
|
|
系統(tǒng)盤(pán)
|
240GB SSD+2TB SATA企業(yè)級(jí)
|
1
|
|
光驅(qū)
|
DVD刻錄機(jī)
|
1
|
|
網(wǎng)卡
|
千兆以太端口
|
2
|
|
工作站平臺(tái)
|
XASUN S600C105PAS （1000W EPS）
|
1
|
|
顯示器
|
可選
|
|
|
噪音控制系統(tǒng)
|
靜音級(jí)(全速計(jì)算45分貝以?xún)?nèi))
|
|
|
硬件性能指標(biāo)
|
||
|
CPU
|
運(yùn)算速度每秒2112億次
|
|
|
GPU
|
幾何三角形處理:4.1億/秒,
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|
|
|
最高分辨率 2560*1600
|
|
|
|
192個(gè)流處理器, 1GB緩存,64X反鋸齒
|
|
|
硬盤(pán)
|
IO讀寫(xiě)帶寬100MB/S，IOPS 200次/秒
|
|
|
網(wǎng)絡(luò)端口
|
通過(guò)匯聚功能，實(shí)現(xiàn)2Gbps
|
|
|
硬件升級(jí)能力
|
|
|
|
CPU
|
支持2顆Xeon E5 2600全系列
|
|
|
顯卡
|
支持Quadro 全系列，支持雙Quadro Plex
|
|
|
內(nèi)存槽
|
16個(gè)，單根內(nèi)存最大32GB，最大容量512GB
|
|
|
硬盤(pán)位
|
4個(gè)，單塊最大SAS：1TB、SATA：2TB
|
|
|
PCI擴(kuò)展
|
2*PCIE 3.0 x16,2*PCIE 3.0 x8
|
|
|
操作系統(tǒng)
|
|
|
|
支持Windows Server 2003、2008
|
||
|
支持Windows XP、Vista、7
|
||
|
支持Redhat、Suse Linux全系列
|
||
|
應(yīng)用軟件
|
|
|
|
基于windows、linux環(huán)境下軟件全系列
|
||
|
報(bào)價(jià)
|
￥46,500元
|
|
3．超大規(guī)模計(jì)算分布式集群服務(wù)器解決方案
定位: 原子數(shù)1000個(gè)以上求解規(guī)模
下面的方案主要是基于辦公環(huán)境的計(jì)算應(yīng)用，Xeon架構(gòu)的計(jì)算機(jī)單機(jī)性能越來(lái)越強(qiáng)大，最新Xeon5600和單核時(shí)代的Xeon相比，快15倍以上，所以基于辦公環(huán)境的小集群（40核以?xún)?nèi)），放在辦公環(huán)境，計(jì)算性能滿(mǎn)足大部分應(yīng)用，同時(shí)也便于維護(hù)和使用。
22U高度(4U*5+1U+1U)
分布式服務(wù)器集群方案
管理節(jié)點(diǎn)配置：6核Xeon E5 2620（2.0Ghz）/24GB/600G SAS+ 4*18BSATA
計(jì)算節(jié)點(diǎn)配置：8核Xeon E5 2643（3.3Ghz）/48GB/300G SAS
計(jì)算節(jié)點(diǎn)數(shù)量：4個(gè)
硬件參考配置方案
1．圖形管理服務(wù)器（管理節(jié)點(diǎn)）
機(jī)器型號(hào)：XASUN M560 22032-S16T8ARC
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主要配置
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6核Xeon E5 2620/32GB/Q4000/600G SAS+8TB陣列
|
|
|
硬件配置明細(xì)
|
|
|
|
配件
|
品牌和型號(hào)
|
數(shù)量
|
|
CPU
|
6核Xeon E5 2620
|
1
|
|
2.0G/152MB/7.2GTs/超線(xiàn)程/Turbo
|
||
|
芯片組
|
intel C600+PCH Chips
|
1
|
|
內(nèi)存
|
8G DDR3 1600 Reg ECC
|
4
|
|
顯卡
|
Nvidia Quadro 4000 2GB
|
1
|
|
系統(tǒng)盤(pán)
|
600G SAS 6Gbps
|
1
|
|
超級(jí)陣列
|
1TB SATA企業(yè)級(jí)
|
8
|
|
|
8port SAS2-RAID
|
1
|
|
光驅(qū)
|
DVD刻錄機(jī)
|
1
|
|
網(wǎng)卡
|
千兆以太端口(可選萬(wàn)兆或IB卡)
|
2
|
|
工作站平臺(tái)
|
XASUN S600R416PAS （1000W EPS）
|
1
|
2 計(jì)算節(jié)點(diǎn)
機(jī)器型號(hào) XASUN R560 23348-S13i
|
主要配置
|
8核Xeon E5 2643/48GB/300G SAS
|
|
|
硬件配置明細(xì)
|
|
|
|
配件
|
品牌和型號(hào)
|
數(shù)量
|
|
CPU
|
4核Xeon E5 2643
|
2
|
|
3.06G/12MB/6.4GTs/超線(xiàn)程/Turbo
|
||
|
芯片組
|
intel C600+PCH Chips
|
|
|
內(nèi)存
|
8G DDR3 1600 Reg ECC
|
6
|
|
顯卡
|
集成
|
1
|
|
系統(tǒng)盤(pán)
|
300G SAS
|
1
|
|
光驅(qū)
|
DVD
|
1
|
|
網(wǎng)卡
|
千兆以太端口
|
2
|
|
服務(wù)器平臺(tái)
|
XASUN S600U416PAS （1000W EPS）
|
1
|
3.服務(wù)器集群設(shè)備匯總表
|
NO
|
品牌和型號(hào)
|
數(shù)量
|
|
|
硬件配置明細(xì)
|
|||
|
圖形服務(wù)器集群
|
|||
|
1.1
|
管理圖形存儲(chǔ)服務(wù)器
|
1
|
|
|
1.2
|
計(jì)算服務(wù)器（計(jì)算節(jié)點(diǎn)）
|
4
|
|
|
1.3
|
8口千兆交換機(jī)
|
1
|
|
|
1.4
|
8口 KVM切換器
|
1
|
|
|
1.5
|
22U機(jī)柜
|
1
|
|
|
可選設(shè)備
|
|||
|
1.6
|
IB交換機(jī)
|
1
|
|
|
1.7
|
IB卡或萬(wàn)兆以太網(wǎng)卡
|
1
|
|
|
1.8
|
穩(wěn)壓電源（20KV）
|
1
|
|
|
1.9
|
|
||
|
集群硬件性能指標(biāo)
|
|||
|
CPU指標(biāo)
|
浮點(diǎn)運(yùn)算速度每秒8448億次（核數(shù)32個(gè)）
|
||
|
海量存儲(chǔ)
|
IO讀寫(xiě)帶寬700MB/S，IOPS 400次/秒
|
||
|
網(wǎng)絡(luò)端口
|
通過(guò)匯聚功能，實(shí)現(xiàn)2Gbps
|
||
|
噪音控制系統(tǒng)
|
靜音級(jí)(全速計(jì)算45分貝以?xún)?nèi))
|
||
|
合計(jì)
|
￥205,000元
|
||
方案咨詢(xún)：
北京太陽(yáng)HPC應(yīng)用中心
北京中關(guān)村E世界財(cái)富中心C座880室
電話(huà)：400-705-6800
