Tesla解決納米級視覺分子動力學(xué)集群計(jì)算難題
挑戰(zhàn)
伊利諾伊大學(xué)厄本那-香檳分校(UIUC)納米級分子動力學(xué)(NAMD)以及視覺分子動力學(xué)(VMD)都是功能強(qiáng)大且應(yīng)用廣泛的工具軟件,它們被用于生物分子過程的模擬和可視化。模擬復(fù)雜的分子系統(tǒng)是一件耗時(shí)的工作,而且還需要使用巨大、復(fù)雜的計(jì)算機(jī)群集才能完成。 |
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為了提高性能,伊利諾伊大學(xué)厄本那-香檳分校的研究人員將“cionize”離子排列工具移植到了NVIDIA GPU計(jì)算解決方案上。其目的就是為運(yùn)算生物學(xué)分子與離子的互動而加快計(jì)算量超大的內(nèi)核速度。通過移植,伊利諾伊大學(xué)厄本那-香檳分校的研究人員在離子模擬方面獲得了比18顆CPU的群集高出100多倍的速度提升(以CPU總時(shí)間對比GPU總時(shí)間為基礎(chǔ)計(jì)算得出)。 采用一臺三顆GPU的工作站時(shí),類似的視覺分子動力學(xué)工具中的時(shí)均化靜電運(yùn)算達(dá)到了705 Gigaflops的浮點(diǎn)性能。這種超高的性能讓所有生物學(xué)研究人員的工作站均能夠達(dá)到等同于計(jì)算群集的計(jì)算能力。 |
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有了GPU計(jì)算,這些分子模擬就不再受到群集的服務(wù)器空間限制了。通過在個(gè)人實(shí)驗(yàn)室的工作站以及臺式機(jī)上運(yùn)行模擬,項(xiàng)目不再因計(jì)算資源稀缺而互相爭搶。與從前只能排隊(duì)等待處理相反的是,研究人員在需要時(shí)可及時(shí)獲得運(yùn)算結(jié)果。 而且,大型服務(wù)器群集擁有了GPU之后,更復(fù)雜的難題就能夠得以解決。而這種計(jì)算能力一年前還只是一個(gè)夢想。 納米級分子動力學(xué)與NVIDIA計(jì)算解決方案的結(jié)合是前沿技術(shù)研究與軟件開發(fā)的珠聯(lián)璧合,其目的就是利用全國最快的超級計(jì)算機(jī)來解讀活體細(xì)胞的最小組件。這些全新的計(jì)算工具正在加速藥品研究以及解釋生物進(jìn)程中其它至關(guān)重要的研究步伐。 如需了解更多信息,敬請?jiān)L問: http://www.ks.uiuc.edu/ |