冷凍電鏡(cryo-EM)三維圖像重構(gòu)軟件Relion工作站配置推薦

單顆粒冷凍電鏡是結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的重要手段之一，冷凍電鏡的模型重構(gòu)通常需要對幾萬甚至幾十萬張投影圖片進(jìn)行分析、組裝和優(yōu)化，計算量巨大，這需要先進(jìn)的計算架構(gòu)配合有效的算法才能實現(xiàn)。



Relion是專門為低溫電子顯微鏡（cryo-EM）設(shè)計的圖像處理軟件。由MRC分子生物學(xué)實驗室的Sjors Scheres組開發(fā)的Relion框架正在革新冷凍電磁領(lǐng)域。該軟件在通過電子冷凍顯微鏡數(shù)據(jù)的單顆粒分析來優(yōu)化大分子結(jié)構(gòu)。Relion采用經(jīng)驗貝葉斯方法對多個3D重建或2D類平均值進(jìn)行細(xì)化。借助GPU CUDA并行計算架構(gòu)，改進(jìn)了算法，GPU解決了Cryo-EM中計算量最大的過程，例如粒子自動選取，2D和3D圖像分類以及高分辨率圖像細(xì)化。

Relion硬件配置要求


GPU：Relion經(jīng)過優(yōu)化，選用單精度的游戲卡就可以勝任超算，另外GPU顯存容量隨著圖片分辨率提升，目前單卡可提供顯存8GB、11GB、24GB、32GB、48GB



CPU：承擔(dān)數(shù)據(jù)準(zhǔn)備、預(yù)處理、圖像優(yōu)化，CPU頻率高加速整個計算過程
內(nèi)存: 圖片分辨率和內(nèi)存容量配備參考：

數(shù)據(jù)盤：幾十萬張供成像的圖片，需要一個海量存儲系統(tǒng)
高速緩存盤：為了加速圖像轉(zhuǎn)換處理，重構(gòu)，配備一個高速ssd盤，大幅降低硬盤io延遲

Relion圖像處理工作站硬件配置推薦

實驗結(jié)果表明：
基于GPU的RELION實現(xiàn)可以獲得良好的性能，相比于單CPU，整個應(yīng)用的加速比超過36倍，計算密集型算法的加速比達(dá)到75倍以上.在多GPU上的測試結(jié)果表明基于GPU的RELION具有很好的可擴(kuò)展性

上述所有配置，代表最新硬件架構(gòu)，同時保證是最完美，最快，如有不符，可直接退貨

欲咨詢機(jī)器處理速度如何、技術(shù)咨詢、索取詳細(xì)技術(shù)方案，提供遠(yuǎn)程測試，請聯(lián)系

UltraLAB圖形工作站供貨商：
西安坤隆計算機(jī)科技有限公司
國內(nèi)知名高端定制圖形工作站廠家
業(yè)務(wù)電話：400-705-6800

咨詢微信號：